R语言实现计算MR工具变量F-staistics(1)

2023-12-27 12:57:32
#F-statistics
#Basic analysis
#导入包
library(TwoSampleMR)
library(MRPRESSO)
#导入暴露变量数据：aspirin----ukb-b-8755
aaa<- extract_instruments(outcomes='ukb-b-8755',
                          clump=TRUE, p1 = 5e-08,
                          r2=0.001,kb=10000,access_token=NULL)
#Method 1 : Convert eaf to maf
aaa$MAF = ifelse(aaa$eaf.exposure < 0.5, 
                 aaa$eaf.exposure,
                 1-aaa$eaf.exposure)
Ff<-function(data){
  maf<-data$MAF
  beta<-data$MAF
  rr<-2*maf*(1-maf)*(beta^2)
  ff<-(data$samplesize.exposure-2)*rr/(1-rr)
  mean<-mean(ff)
  li<-list(r2=rr,
           fs=ff,
           fm=mean)
  print(mean)
  print("if fm=<10, please pay attention to weak instrument bias")
  return(li)
}
a<-Ff(data=aaa)

文章来源:https://blog.csdn.net/weixin_49320263/article/details/135241297
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