专栏十六：bulk以及单细胞空转中的progeny通路分析

2023-12-20 12:17:17

progeny本身有自己的R包，可以提取通路基因集信息，团队把他嵌入另一个R包decoupleR中完成富集分析。decoupleR自己有详细的针对bulk和scRNAseq的教程,这里补充汇总一下他的数据提取和另一种分析思路

简单安装一下

devtools::install_github('saezlab/OmnipathR')
devtools::install_github("saezlab/progeny") 
BiocManager::install("saezlab/decoupleR")

Inside PROGENy, one can find gene signatures for 14 different pathways:

  • Androgen: involved in the growth and development of the male reproductive organs.
  • EGFR: regulates growth, survival, migration, apoptosis, proliferation, and differentiation in mammalian cells
  • Estrogen: promotes the growth and development of the female reproductive organs.
  • Hypoxia: promotes angiogenesis and metabolic reprogramming when O2 le

文章来源:https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/135094699
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