数据库客户案例：每个物种都需要一个数据库！

1、GERDH——花卉多组学数据库

项目名称：GERDH：花卉多组学数据库

链接地址：https://dphdatabase.com

项目描述：GERDH包含了来自150多种园艺花卉植物种质的 12961个观赏植物。将不同花卉植物转录组学、表观组学等数据进行比较，通过交互式分析可快速挖掘到关键功能基因。数据库还提供了基因表达、种内分析、表观遗传调控、基因共表达、富集/通路和系统发育分析等功能模块。

合作单位：南京农业大学

Cite：GERDH: an interactive multi-omics database for cross-species data mining in horticultural crops.Plant Journal,2023.

2、GourdBase——多组学瓠瓜数据库

项目名称：GourdBase:一个以基因组为中心的多组学瓠瓜数据库

链接地址：http://www.gourdbase.cn/

项目描述：GourdBase以基因组数据为中心，整合了相关的表型、标记、QTL、遗传图谱、品种等数据信息。构建了直观友好内联的数据平台，能够帮助研究人员更好地浏览、搜索和获取感兴趣的信息，加速研究。

合作单位：浙江省农业科学院蔬菜研究所

Cite：GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd (Lagenaria siceraria), an economically important cucurbit crop.Scientific Reports,2018.

3、CUCUME——葫芦科物种RNA甲基化数据库

项目名称：CUCUME：RNA甲基化数据库，整合了葫芦科物种不同组织中的系统 mRNA 信号、GWAS 和 QTL 遗传调控和表观遗传学

链接地址：http://cucume.cn/

项目描述：在全基因组水平上鉴定了南瓜和黄瓜中含有 5-甲基胞嘧啶 (m5C) 和 N6-甲基腺苷 (m6A) 位点的 mRNA。使用黄瓜/南瓜异种移植物的研究中发现的移植物可传播的系统 mRNA，进一步整合黄瓜全基因组关联分析 (GWAS) 和数量性状位点 (QTL) 可以研究葫芦中 RNA 甲基化相关的遗传和表观遗传调控。

合作单位：中国农业大学设施蔬菜作物生长发育调控北京市重点实验室

Cite：CUCUME: An RNA methylation database integrating systemic mRNAs signals, GWAS and QTL genetic regulation and epigenetics in different tissues of Cucurbitaceae.Comput Struct Biotechnol J,2023.

4、iMarmot——旱獭比较基因组数据库

项目名称：iMarmot：旱獭比较和功能基因组学的综合平台

链接地址：http://cucume.cn/

项目描述：数据库包含 14 只旱獭的生物学信息旱獭、6 只旱獭的基因组序列、3 只旱獭的同线关系和直系同源物，以及几种冬眠动物和瘟疫宿主的表达谱。集成了一组分析和可视化工具，例如 KEGG 或 GO 富集分析、PCA、Blast、Muscle、GeneWise、Lastz 和 JBrowse。数据库还提供了一个 DEGs（差异表达基因）模块，以可视化冬眠者和瘟疫宿主的基因表达变化。

合作单位：西安交通大学基础医学院

Cite：iMarmot: an integrative platform for comparative and functional genomics of marmots.BMC genomics,2020.

5、MODB——软体动物线粒体基因组数据库

项目名称：MODB：一个全面的软体动物线粒体基因组数据库

链接地址：http://modb.ytu.edu.cn/

项目描述：数据库致力于收集、整理和分享软体动物的线粒体基因组信息。集成了一系列分析和可视化工具，如 BLAST、MUSCLE、GENEWISE 和 LASTZ。为有兴趣了解软体动物生物学特性的研究人员提供了全面的信息和分析平台

合作单位：烟台大学

Cite：MODB: a comprehensive mitochondrial genome database for Mollusca.Database,2021.

6、Myrica rubra?Database——杨梅多组学数据库

项目名称：杨梅数据库：杨梅的多组学数据库

链接地址：http://www.bayberrybase.cn/

项目描述：杨梅数据库是一个智能、交互和用户友好的系统，使研究人员、育种者和园艺人员能够浏览、搜索和检索相关和有用的信息，从而促进有关杨梅的基因组研究和育种工作。

合作单位：浙江省农业科学院园艺研究所

Cite：The bayberry database: a multiomic database for Myrica rubra, an important fruit tree with medicinal value.BMC Plant Biology,2021.

7、OGDA——藻类的综合细胞器基因组数据库

项目名称：OGDA:藻类的综合细胞器基因组数据库

链接地址：http://ogda.ytu.edu.cn/

项目描述：OGDA数据库包含1055个质体基因组和755个线粒体基因组。数据库还集成了多种应用程序来分析藻类细胞器基因组的结构特征、共线性和系统发育。

合作单位：中国海洋大学海洋生命学院

Cite：OGDA: a comprehensive organelle genome database for algae.Database,2020.

8、HugeDomains——水稻泛基因组数据库

项目名称：33个遗传多样性水稻种质的泛基因组分析揭示了隐藏的基因组变异

链接地址：http://RiceRc.com

项目描述：研究提供了泛基因组规模的基因组资源，提供了对水稻基因组变异的访问数据库，其中包括171,072个SV和25,549个gCNV，并使用 Oryza glaberrima 程序集来推断水稻种群中 SV 的衍生状态。

合作单位：四川农业大学

Cite：Pan-genome analysis based on 33 high-quality assemblies provides insights into hidden genomic variations in rice.Cell,2021

9、MacadamiaGGD——澳洲坚果种质资源和功能基因组学的综合平台

项目名称：MacadamiaGGD：澳洲坚果种质资源和功能基因组学的综合平台

链接地址：http://MacadamiaGGD.net

项目描述：该数据库是简单序列重复SSR标记的宝贵集合，包括基于澳洲坚果基因组序列并在本研究中开发的标记和先前开发的标记。MacadamiaGGD 还集成了多种生物信息学工具，如搜索、JBrowse、BLAST、引物设计器、序列提取、富集分析、多序列比对、基因组比对和基因同源注释。

合作单位：广西大学

Cite：Macadamia germplasm and genomic database (MacadamiaGGD): A comprehensive platform for germplasm innovation and functional genomics in Macadamia.Frontiers In Plant Science,2022.

10、Arctium——牛蒡的多组学数据库

项目名称：牛蒡数据库：牛蒡的多组学数据库，一种食品和药用植物

链接地址：http://210.22.121.250:41352/

项目描述：该数据库包含十个核心功能模块：主页、基因组、转录组、Jbrowse、搜索、工具、SRAP 指纹、相关微生物、化学和出版物，数据库整合了分子和化学数据，为感兴趣的研究人员提供了一个全面的信息和分析平台，对牛蒡的栽培、育种和分子生药学研究有很大的帮助。

合作单位：辽宁中医药大学药学院

Cite：The burdock database: a multi-omic database for Arctium lappa, a food and medicinal plant.BMC Plant Biology,2023.

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Tips

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