一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(九)——ssGSEA——倒数第三节

2023-12-30 22:35:48

 

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

下面讲一下免疫浸润,主要是xCell包,estimate,cibersort的用法,然后绘制箱线图或者热图。

下面讲一下ssGSEA,首先得准备好免疫相关的数据集,具体数据集可以在文献中查找(PMID: 24138885)&#

文章来源:https://blog.csdn.net/weixin_46500027/article/details/135310041
本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。