scanpy 中AnnData对象的.raw属性 .x属性

1 raw属性

AnnData对象的.raw属性是一个稀疏矩阵，它包含未经过基因表达量归一化和批次效应修正的原始基因表达矩阵。这是一个重要的属性，因为它保存了实验测量出的原始基因表达量数据，可用于后续的数据处理和分析。通常在基因表达量归一化和批次效应修正之前，研究人员会对.raw属性进行一些预处理，例如通过筛选低表达的基因以减少噪音和保留高可信度的基因表达量数据。同时，.raw属性还可以被用于一些特殊的分析，例如单细胞RNA测序中的变异性分析。

2?.raw属性和.X属性异同

可以将AnnData对象的.raw属性和.X属性看作是包含基因表达量数据的矩阵。然而，它们之间存在一些区别：

1. .X属性：.X是一个稀疏或密集矩阵，包含已经经过预处理（例如归一化、批次效应修正等）的基因表达量数据。通常，.X是用于大多数分析和可视化任务的主要属性。

2. .raw属性：.raw是一个稀疏矩阵，包含未经过预处理的原始基因表达量数据。它通常用于保存实验测量出的原始数据，以备后续处理和分析。.raw属性在某些情况下可能更适合特定的分析需求，例如对基因表达的变异性进行评估或者执行其他与原始数据相关的操作。

总的来说，.X属性是经过处理的、可用于大多数分析任务的主要属性，而.raw属性则是用于保留原始基因表达量数据的属性，在特定的分析场景中可能会被使用到。