pymol--常用指令

2023-12-28 12:34:04

1. 导入蛋白质

1）Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件，并命名，我还没试过
? ? ? Pymol> fetch proteinID # 直接就加载了 我用的这个

? ? ? 右边选框，有A S H L C指令

2. 保存图片

  1. 2.1 直接输出PNG，在pymol后输入：

png name.png

进入Script文件查看保存测文件，路径在上一篇的pymol

2.2 设置PNG的参数（仅记录，未实践）

png filename [, width[, height[, dpi[, ray[, quiet]]]]]
  • filename = string（字符串）: 文件名称和文件的路径。
  • width = integer or string （整数或字符串）: 宽度，单位为像素。如果给定单位后缀英尺或厘米(in, cm)，则需要dpi参数。如果只给出 width或 height中的一个，则保留可视化窗口的长宽比，默认是0。
  • height = integer or string（整数或字符串）: 高度，默认是0。
  • dpi = float: dots-per-inch 默认为 -1.0 。
  • ray = 0 或 1: 如果为1则在输出png前运行ray，默认是0。
  • quiet = 0 或 1: 如果为1则不输出log日志，默认是 0。

学习文章：

PyMOL作图-输出PNG格式图片_pymol导出图片-CSDN博客

文章来源:https://blog.csdn.net/Daisy4/article/details/135262867
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