R语言【CoordinateCleaner】——cc_coun(): 删除或标记地理坐标与其他国家/地区信息之间的不匹配（通常此信息与样本一起可靠地报告）

?Package?CoordinateCleaner?version 2.0-20

Parameters

cc_coun(
  x,
  lon = "decimallongitude",
  lat = "decimallatitude",
  iso3 = "countrycode",
  value = "clean",
  ref = NULL,
  ref_col = "iso_a3",
  verbose = TRUE
)

参数【x】：data.frame。包含地理坐标和物种名称。

参数【lon】：字符串。具有经度坐标的列。默认值 = “decimallongitude”。

参数【lat】：字符串。包含纬度坐标的列。默认值 = “decimallatitude”。

参数【iso3】：字符串。包含每条记录的国家/地区分配的列，以三个字母的 ISO 代码表示。默认值 = “countrycode”。

参数【value】：字符串。定义输出值。

参数【ref】：一个 SpatialPolygonsDataFrame。提供地理地名录。可以是任何 SpatialPolygonsDataFrame，但结构必须与 rnaturalearth::ne_countries(scale = "medium")?相同。默认值 = rnaturalearth::ne_countries(scale = "medium")。

参数【ref_col】：参考数据集中的列名，包含用于匹配的相关 ISO 代码。默认值为 “iso_a3_eh”，表示参考数据集中的 ISO-3 代码。

参数【verbose】：逻辑值。如果为 TRUE，则报告测试的名称和标记的记录数。详见 Value。

Value

根据参数【value】，包含测试认为正确的记录的 data.frame （“clean”） 或逻辑向量 （“flagged”），其中 TRUE = 测试通过，FALSE = 测试失败/可能有问题。默认值 = “clean”。

Note

参数【ref_col】允许使函数适应替代参考数据集的结构。例如，对于 rnaturalearth::ne_countries(scale = "small")，默认值将失败，但 ref_col = “iso_a3” 将起作用。

使用默认参考时，如果记录落在国家/地区的陆地领土之外，则会标记这些记录，因此可能会标记领海中的记录。

Example

library(CoordinateCleaner)

x <- data.frame(species = letters[1:10], 
                decimallongitude = runif(100, -20, 30), 
                decimallatitude = runif(100, 35,60),
                countrycode = "RUS")

cc_coun(x, value = "flagged")#non-terrestrial records are flagged as wrong.