CNVnator进阶工具CNVpytor的CNV检测最佳实践

2023-12-13 20:57:48

cnvpytor 简介

CNV分析里比较常用到的CNVnator，该工具的高精度和高感度受到广泛的欢迎和应用。CNVpytor就是基于该工具开发的，使用Python内核，强化了CNVnator的可视化，模块化，功能和计算能力。根据RD(Read Depth)来检测CNV(copy number variations)和CNA(copy number alterations)，是CNVnator的进化版。

cnvpytor github

https://github.com/abyzovlab/CNVpytor

conda安装

conda install cnvpytor -y

使用示例

sh cnvpytor_calling.sh sample001 /public/analysis/result/

Calling CNV Shell程序代码

cnvpytor_calling.sh

文章来源:https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/134905330
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