图神经网络并在 TensorFlow 中实现

2023-12-21 06:17:42
asokraju.medium.com

一、说明

????????本文将引导您了解图神经网络 (GNN) 并使用 TensorFlow 实现该网络。在后续的?文章中,我们讨论 GNN 的不同变体及其实现。这是一个分步计划:

  1. 图神经网络 (GNN) 的使用:我们首先讨论 GNN 是什么、它们如何工作以及它们的使用地点。
  2. 理解图:在深入研究 GNN 之前,了解图的基础知识非常重要,包括节点、边、邻接矩阵和图表示。
  3. 理解图神经网络:我们还将简要介绍神经网络的基础知识,因为 GNN 是神经网络的一种。
  4. 图神经网络 (GNN) 的变体
  5. 使用 TensorFlow 实现 GNN:最后,我们将介绍使用 TensorFlow 实现简单 GNN 的过程。

二、图神经网络 (GNN) 的使用

????????图神经网络 (GNN)?是一种神经网络,旨在对图数据结构执行机器学习任务。它们对于数据以图形表示的任务特别有用,例如社交网络、分子结构和推荐系统。

????????GNN 的工作原理是将信息从节点传播到其邻居。图中的节点根据其邻居的状态进行更新,并且此过程会重复多次迭代。然后可以使用节点的最终状态进行预测。

????????例如,在社交网络中,GNN 可用于根据用户朋友的兴趣来预测用户的兴趣。 GNN 将从每个用户的一些初始表示开始,然后根据其朋友的表示更新每个用户的表示。经过几次迭代后,每个用户的最终表示不仅会捕获他们自己的兴趣,还会捕获他们的朋友、朋友的朋友等的兴趣。

三、理解图表:

????????图是一种对对象之间的关系进行建模的数学结构。它由节点(也称为顶点)和组成。节点代表对象,边代表这些对象之间的关系。

????????例如,在社交网络中,每个人可以由一个节点表示,每个友谊可以由连接两个节点的边表示。

????????有两种主要类型的图表:

  1. 无向图:在无向图中,边没有方向。也就是说,如果存在从节点 A 到节点 B 的边,则也存在从节点 B 到节点 A 的边。 Facebook 友谊就是这样的一个示例:如果人 A 是人 B 的朋友,那么人 B 也是人与 A 是朋友。
  2. 有向图:在有向图中,边确实有方向。也就是说,如果从节点 A 到节点 B 存在一条边,并不一定意味着从节点 B 到节点 A 也存在一条边。 Twitter 关注就是一个例子:如果 A 关注了 B,那么它就会关注 B。并不意味着B跟随A。

????????图可以用多种方式表示,但最常见的方式之一是通过邻接矩阵。邻接矩阵是一个方阵,其中第 i 行第 j 列中的条目等于节点 i 和 j 之间的边数。对于无向图,邻接矩阵是对称的。

????????另一种常见的表示形式是边列表,其中每条边由一对节点表示。

????????了解图的这些基础知识对于理解图神经网络的工作原理至关重要,因为它们直接在图结构上运行。

四、理解图神经网络

GNN 是一种神经网络,旨在对图数据结构执行机器学习任务。它们对于数据以图形表示的任务特别有用,例如社交网络、分子结构和推荐系统。

GNN 背后的关键思想是捕获图中连接之间的依赖关系。他们通过聚合相邻节点的特征来为每个节点生成嵌入来实现这一点。然后,这些嵌入可用于执行各种任务,例如节点分类、链接预测和图分类。

以下是 GNN 工作原理的更详细的分步过程:

  1. 节点特征初始化:图中的每个节点都使用特征向量进行初始化。这可能是节点标签的单热编码、特定于节点的一些实值向量,甚至是零向量。
  2. 特征聚合:每个节点聚合其邻近节点的特征向量以更新自己的特征向量。这通常是使用一个函数来完成的,该函数接收节点及其邻居的特征向量并输出一个新的特征向量。该函数可以是简单平均值、加权和或更复杂的函数。
  3. 特征变换:然后对聚合的特征向量进行变换,通常使用线性变换,然后使用非线性激活函数。这与传统神经网络层中发生的情况类似。
  4. 重复步骤 2 和 3:重复步骤 2 和 3 一定次数的迭代。在每次迭代中,节点都会聚合并转换来自越来越大邻域的特征。
  5. 读出:最终迭代后,使用读出函数聚合图中所有节点的特征向量以产生图级输出。

GNN 的优点在于它们可以处理不同大小和形状的图,并且可以捕获图的局部和全局结构。

五、使用 TensorFlow 实现 GNN

有几个构建在 TensorFlow 之上的库提供了各种类型的 GNN 的实现,例如 Graph Nets 和 Spektral。我们可以使用这些库之一来简化实现过程。

首先,您需要安装 Spektral 库。您可以使用 pip 执行此操作:

pip install spektral

安装 Spektral 后,您可以首先导入必要的库:

import numpy as np
import tensorflow as tf
from tensorflow.keras.models import Model
from tensorflow.keras.layers import Dense, Dropout
from spektral.layers import GCNConv, global_sum_pool
from spektral.data import DisjointLoader, Dataset
from spektral.datasets import TUDataset

在此示例中,我们将使用 TUDataset,它是用于图分类的基准数据集的集合。

接下来,让我们加载数据集:

dataset = TUDataset('PROTEINS')

这将下载 PROTEINS 数据集,这是蛋白质结构的图形分类数据集。

  1. 读出:在最后一层之后,使用读出函数聚合图中所有节点的特征向量以产生图级输出。

现在,让我们看看如何使用 TensorFlow 中的 Spektral 库实现一个简单的 GraphSAGE 模型:

import spektral
from spektral.layers import GraphSageConv
from tensorflow.keras.models import Model
from tensorflow.keras.layers import Input, Dropout, Dense

# Define the model
class GraphSageModel(Model):
    def __init__(self, n_hidden, n_labels):
        super().__init__()
        self.sage_conv1 = GraphSageConv(n_hidden)
        self.sage_conv2 = GraphSageConv(n_labels)
        self.dropout = Dropout(0.5)
        self.dense = Dense(n_labels, 'softmax')

    def call(self, inputs, training=False):
        x, a = inputs
        x = self.dropout(x, training=training)
        x = self.sage_conv1([x, a])
        x = self.sage_conv2([x, a])
        return self.dense(x)

# Instantiate the model
model = GraphSageModel(n_hidden=64, n_labels=dataset.n_labels)

该模型将由其节点特征表示的图作为输入x、邻接矩阵a和批次索引i.该模型首先对节点特征应用 dropout,然后应用两个图卷积层,将节点特征池化为图级表示,最后应用密集层来预测每个图的类别。

接下来,让我们编译并训练我们的模型:

model = GNN(n_hidden=64, n_labels=dataset.n_labels)
model.compile('adam', 'categorical_crossentropy', ['acc'])
loader = DisjointLoader(dataset, batch_size=32, epochs=10)
model.fit(loader.load(), steps_per_epoch=loader.steps_per_epoch)

什么是global_sum_pool represent?

在图神经网络(GNN)的背景下,池化是一种用于将整个图的信息聚合成单个向量表示的技术。这对于图级预测任务特别有用,我们想要对整个图(而不是单个节点或边)进行预测。

global_sum_pool是 Spektral 库提供的一种此类池化操作。顾名思义,它只是将图中所有节点的特征向量相加以生成单个向量。此操作对于图中节点的顺序是不变的,这对于许多基于图的任务来说是一个重要属性。

值得注意的是,求和池化是一种非常简单的池化操作,GNN 中还可以使用许多其他更复杂的池化操作,例如均值池化、最大池化以及更复杂的方法,例如图注意力池化和图同构池化。池化操作的选择会对 GNN 的性能产生重大影响,而最佳选择通常取决于具体的任务和数据。

i?表示 x = self.pool(x, i) 是什么?

函数调用中的i表示每个节点的批次索引。global_sum_pool(x, i)

当您在批量设置中处理图形数据(即单个批次中的多个图形)时,您需要一种方法来指示哪些节点属于哪些图形。这是因为与图像或文本数据不同,批次中的图可以具有不同的大小(即不同数量的节点和边),因此不能简单地将它们堆叠在单个张量中。

批次索引i?是一个向量,它将每个节点分配给批次中的特定图。例如,如果批次中有两个图表,第一个有 3 个节点,第二个有 2 个节点,则批次索引?i?将为?[0, 0, 0, 1, 1]。这表明前三个节点属于第一个图,最后两个节点属于第二个图。

在后续文章中,我们讨论 GNN 的不同变体及其实现。

文章来源:https://blog.csdn.net/gongdiwudu/article/details/135059814
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