【无标题】

2023-12-14 11:53:49

动图封面

eDNA(environmental DNA),即环境DNA,顾名思义,是指周围环境中存在的DNA。

在我们生存的环境内,到处都可能存在生物体的DNA。利用高通量测序技术检测环境中存在的eDNA,可以在不破坏生态系统的情况下检测物种是否存在或进行具体物种的种属鉴定。动态的eDNA检测技术,亦可以研究生物多样性的动态变化,监测生态系统的改变。基于高通量测序的eDNA技术具有高灵敏度、高分辨率、高效快速和低样本量需求的特点,已成为研究生态系统生物多样性的强大工具。

为了更好服务于我国的生态科研工作,提升eDNA检测效率,降低相关科研成本,凌恩生物推出,基于华大智造DNBSEQ-G99平台的eDNAmetabarcoding 检测服务项目。未来,凌恩生物与华大智造将继续携手深耕该领域研究,共同聚焦组学研究新热点,领航环境DNA科研新生态!

测序平台G99

得益于有着“速度王者”之称的测序平台G99快速、灵活、简单的优势,凌恩eDNA metabarcoding测序技术服务在确保了准确可靠的检测数据更快交付的前提下,更能降低科研成本,为广大科研工作者节约宝贵的科研时间和科研经费。

01.产品方案

eDNA多样本类型建库

* 水体样本淡水鱼类eDNA检测,引物选择:Tele02,扩增子长度~200bp.

* 底泥样本水生植物eDNA检测,引物选择:rbcL,扩增子长度~520bp.测序方案: 华大智造DNBSEQ-G99 (PE300测序)分析方案:凌恩生物配套eDNA分析方案

02.检测流程

03.测试结果

* eDNA检测物种alpha多样性结果比较:

无论是较短的扩增产物(如:淡水鱼类eDNA引物 Tele02),还是较长的扩增产物(如:水生植物eDNA引物 rbcL)检测获得的alpha多样性与某NGS平台检测结果基本一致,检出物种数基本一致。

(图 淡水鱼类eDNA检测alpha多样性指数评估)

(图 水生植物eDNA检测alpha多样性指数评估)

* 与经典NGS平台测序结果一致性比较:

? ? ? ?从获得的数据开展物种注释的结果比较,两大平台检测的结果基本一致。完全可以满足eDNA检测需求 。

图 两平台检测结果一致性 (左图:Tele02淡水鱼类检测;右图:rbcL 水生植物检测)

图 两平台检测结果物种注释一致性评价(属水平) 上图:淡水鱼类eDNA检测;下图:水生植物eDNA检测

? ? ? ? 由此可见,DNBSEQ-G99平台完全可以满足eDNA检测需求,除了建库测序周期更短,检测更高效,还能满足较大范围的扩增子长度检测类型,尤其对较长片段扩增子检出及分类注释的效果好,可匹配多方向eDNA检测项目。

04.凌恩生物基于G99测序平台eDNA项目特色

* 多种样本类型核酸提取方案

? ? ? ? 凌恩生物eDNA metabarcoding检测项目,针对水体、土壤、底泥、空气、动物消化道内容物等多种类型样本开发出特色eDNA核酸提取方案,解决eDNA含量极低微难以获取的技术瓶颈,攻克多种类型eDNA研究方向,能够为广大生态研究科学家提供高效稳妥的eDNA研究办法。

* 数据急速交付效率

? ? ? ? 凌恩生物eDNA metebarcoding技术,联合“速度王者”DNBSEQ-G99测序仪,开展PE300测序,可满足不同长度片段eDNA扩增子研究需求,适用于更多类型eDNA引物测序,测序时间仅需30小时,可短时间内快速获得测序数据,极大程度压缩科研成本及科研时间,为科研用户提供更广阔的研究空间。

* 升级eDNA分析流程及个性化数据库定制

? ? ? ? 凌恩生物历经5年精心打磨eDNA专属分析流程。更大、更全面的鱼类物种注释数据库,目前包含淡水鱼类名录18686种,海水鱼类名录17828种,并增加濒危物种鱼类分析、潜在外来物种检测分析、配图及中文描述。更多实用型分析内容,检测更精准,更适合中国科研用户。

图 凌恩eDNA鱼类检测项目报告检出鱼类物种图片

图 凌恩eDNA鱼类检测项目报告物种对应中文名称

* 精准检验结果

? ? ? ? ?凌恩生物引入华大智造DNBSEQ-G99平台,采用华大智造核心的DNBSEQ测序技术,具有高准确性、低重复序列、低标签跳跃等优势,可助力科研用户取得准确的检测结果。凌恩生物eDNA metabarcoding检测项目,专属试验及分析流程,精准检测生态构成,实时精准检测环境变化。

文章来源:https://blog.csdn.net/SHANGHAILINGEN/article/details/134990556
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